《风都侦探》是《假面骑士双骑》的延伸故事。这是有着巨大风车的城市——风都,在这里,私家侦探左翔太郎、菲利普与所长鸣海亚树子共同经营着一家侦探事务所。左翔太郎和菲利普的另一重身份,是守护风都的神秘英雄,假面骑士双骑。这一天有一位男子上门寻求帮助,声称自己装钱的背包被神秘女子抢走。翔太郎接下了委托,但在调查过程中他发现,神秘女子时芽似乎有特殊能力,可以轻松甩开追踪者,而且她似乎还牵扯进了另一桩重大案件里。调查过程中,时芽的身份之谜慢慢浮出水面,与她关系密切的“里风都”也渐渐走入众人视线。继博物馆之后又一神秘组织出现了,翔太郎与菲利普联手对抗邪恶,再现风都传奇!。大夏“昆仑圣人”飞升时被袭陨落,残魂重生为暗玄宗10岁少主南宫越。恰逢暗元宗踢馆,南宫越暗中相助连胜比试,后反杀暗元宗背后魔头,成为新门主。为查内鬼参加比武大会,他击杀勾结魔道的叛徒,最终飞升并复活原主灵魂。。三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后,回到人类世界-悦悠岛,成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中,她们学习了解到各种海洋知识,并积极参与到救助海洋生物的行动中。
然而,一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛,利用各种高科技装备,四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的,希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……。