第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。Daryn发现他爱的女孩Isabelle患病,所剩时日不多,彩色的长发也变成了光头。他对她展开了不懈追求,想让她剩下的日子过得充实、快乐。Isabelle一开始是拒绝的,但是……。梁咏娜(蔡卓妍饰)因失恋变得精神恍惚。有天她遇到了与前男友阿坤十分相似的伟豪(余文乐饰),令她对生活仿佛也有了希望。好友阿仪(梁洛施饰)鼓励咏娜放下以前的不快,好好的与伟豪发展。咏娜跟伟豪很快开始交往,咏娜担心伟豪会像阿坤那样变心,终日都幻想着伟豪要离开自己,又开始坠入了妄想的深渊。 警察因伟豪的失踪,调查与伟豪有关的人,发现了一个惊人的真相。。