1948年初,青城发生了一起美军被刺杀案件,特调局要员俞北平被派往青城调查此案。他深知特调局委派自己调查此案的深层目的,旨在甄别自己的身份。深陷危机的俞北平在青城见到失散多年的亲生女儿。女儿身份神秘,正在调查自己。俞北平与现任妻子的女儿徐丹妮在青城上大学,思想左倾,对父亲特务身份嗤之以鼻,正爱着一名有家室的教授,让俞北平很苦恼。俞北平一方面要完成组织最高任务,一方面小心翼翼保护着自己的两个女儿。最终,大女儿为保护他而牺牲,小女儿直到和父亲分离,才恍然明白:父亲是一名真正的共产党员。但从此两人却永隔天涯。《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年,八国联军攻占北京,并占领紫禁城,皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫,来到西安,最后又安全回宫的故事。
慈禧太后临行前,由于政治立场不同的仇恨,将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时,却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样!而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上,给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘,同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。。剧情讲述了5人分别扮演高中生,描写了她们通过恋爱内心得到成长的故事。