故事叙述一个巧妙的契机,在泰瑞进入飞哥小佛家五周年纪念日当天,飞哥做了一个用大型鸭嘴兽羽毛球机器,而且两人就坐在里头,在阴错阳差之下撞上了背着两人驾着火箭车出任务的泰瑞,意外弹到了杜芬舒斯家中,飞哥与小佛因此结识了杜芬舒斯,并帮杜芬舒斯修好被他们撞烂的”超时空终结者”,刚好泰瑞在此时闯进杜芬舒斯家,因为不能被家中主人发现,所以只好变回毫无威胁性的鸭嘴兽。飞哥帮忙修好机器后,一行人进入了另一个时空。那个时空是一个被穿黑袍的独眼杜芬舒斯独裁统治的三州地区,莫来管队长则成了独眼杜芬舒斯底下的助理。 独眼杜芬舒斯把自己那个时空的鸭嘴兽泰瑞给改造成了自己的邪恶部属,而此时泰瑞也在情急之下暴露了自己的身分,秘密特务的身分让飞哥很不谅解,他把泰瑞当成家人,而家人是不该有秘密的,独眼杜芬舒斯命令机械鸭嘴兽去攻击鸭嘴兽泰瑞,在经过一番缠斗之后暂时甩掉了他,但鸭嘴兽泰瑞...。未来某天,议员之子帕特里克·罗斯(贾斯汀·拉扎德 Justin Lazard 饰)乘坐远足号登陆火星,成为第一个踏足这个星球的地球人。一如当年的阿姆斯特朗,帕特里克成为全人类的英雄。然而始料未及的是,帕特里克将一种致命的DNA带回地球。人类开始面临新的灾难。
另一方面,由于塞尔曾给地球带来莫大的灾难,军方以及科学家们利用赛尔的基因制作了复制品夏娃(娜塔莎·亨斯特里奇 Natasha Henstridge 饰),旨在通过各种实验找到外星生命体的弱点所在。新的异种降临地球,夏娃体内沉睡已久的基因开始苏醒。冥冥中,帕特里克和夏娃都感到来自对方体内原始欲望的野性呼唤……。1949年,全国解放前夕,作为国民政府逃台的最后一站,厦门上演着惨烈的生死谍战。年轻的国民党军上尉黄灿森(连凯 饰)深深爱上了教会女子学院的钢琴教师李莱亚(张铮 饰)。而李莱亚却是共产党的地下工作者,她神不知鬼不觉地传递各种情报信息。战事逼近,国民党大势已去,黄灿森希望李莱亚一起去台湾。李莱亚与黄灿森相约在“黑猫”酒吧见面。但就在见面之前,黄灿森却受命负责在“黑猫”酒吧击毙钢琴演奏者。黄灿森携带填满子弹的手枪前往赴约……
60多年后,2012年,在厦门鼓浪屿上,阿明(张默 饰)和李清子(林逸欣 饰)是一对恋爱多年的恋人,李清子在鼓浪屿上练琴,期望有朝一日能出国深造。网络黑客高手王阿明成天宅在家里,沉浸在自己的网络天地里,以破解各种网络密匙,闯进防护严密的隐蔽网络空间为最大乐趣。一次偶然的机会,阿明发现一座立于1949年墓碑上刻着半首乐曲,这是一首密码曲,阿明破解了其中的秘密。从此,阿明的生活卷入了一场“黑幕“之中,甚至莫名被杀手(动力火车 饰)追杀……。