随着Peter进入末日机器并将两个世界融合在一起,表面的危机似乎解除,但是Peter却被时间线所抹杀。两个世界的人一边要消除与对方之间的隔阂,一边针对两个世界之间不减反增的潜科学案件,神秘莫测的观察者神出鬼没也给众人留下众多疑问,又是什么在黑暗中操控着这一切呢?。为了保护自己的结拜兄弟锦山以及心爱的女人由美,于是自愿顶替锦山并扛下杀了自己组内老大的罪名,然后服刑十年后回到神室町的主角“桐生一马”与为了找寻母亲的神秘少女相遇。这个女孩的名字叫做“遥”,同时她的手中掌握了一笔与东京第一大帮派‧东城会有关而行踪不明的一百亿元下落的关键资料,于是各方势力为了这笔钱都因此盯上了这名少女。为了守护遥而战的桐生,也在战斗中开始找寻何谓“人活着的意义”。。1996年的夏天,飞毛腿杨夕因为长跑成绩出色喜获父母奖励的新自行车一辆,不想天降横祸,半路杀出飞贼,在众目睽睽之下将新车劫走。杨夕奋身追贼,却意外被中学实验室爆炸波及,炸伤了视若性命的腿,无缘高考加分长跑赛。
开学后,杨夕发现爆炸的“罪魁祸首”不但转到了自己的班级,还抢走了她想要连任的班长之职。而这少年就是花彪——一个热血、仗义、有点冲动的理科天才。
花彪的突降让整个班的学生都“如临大敌”。随着他用天才大脑挽救了班级的中秋晚会资格、以神乎其技的游戏实力称霸记录、为兄弟不顾安危两肋插刀,以实际行动证明了自己的仗义率直之后,大家才终于打消了对他的疑忌。
花彪正式成为了小团体“飞车五人组”的一员,而杨夕发现他不仅热血仗义,还对花奶奶孝心一片,终于放下成见,与他坦诚相交。于是,“飞车五人组”叱咤校园,在高三最后的日子里一起经历了青春的欢笑与苦涩,共同抵挡了成长的风浪,在这难忘的一年留下了青春彪悍的足迹。。