来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。北方某个大城市里,有一个按照国家相关法规设置的一个“CDC行动组”。我们着重表现的这个小组主要人物大概有五、六个,小的二十几岁、刚毕业的学医的大学生;最大的组长三十七八岁,国内读医学本科,留学博士,在世界著名实验室培训过。组里几个人是按照公共卫生各项需要专业配备的,每个人都是该方面的专家。
从现实层面看,这个小组是虚拟的,理想状态的一个行动组。是受国家CDC机构领导,面对全国公共卫生突发事件采取行动的小组。他们有自己的实验室,尖端的实验设备,有随时可以咨询的国内一流的专家组,有一流的高科技的通讯、信息处理、交通设备;事件发生时,各方面资源都有权力调动。
每一集的主要故事是一个公共卫生的突发事件,和少部分由此类事件引发的涉及到其他公共安全领域、治安领域的其他类型事件。。在Plaachikkaavu村,当地侦探Ujjwalan必须在一场致命的智慧之战中智取一个神秘人物,他的技能受到了终极考验。。