在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson,他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人(所有人类都可能是)。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。。故事发生在1930年,Russel Marsh93年来都无法真正拥有自己的身体。他寄居旧日支配者之中,以达贡的名义犯下了不可告人的罪行。现在,他获得了自由想要找出回到过去的方法来改变对世界造成的黑暗...。