突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。一块神秘紫水晶,内藏连串叛臣名单。叛将贴身姬妾,摇身一变成为朝廷重臣。 郭旭(何家劲)保镖保出杀身之祸,国家社稷更岌岌可危,奈何忠奸难分,正邪难辨。往往身边最亲的人就是最终的背叛者。旭将如何打开紫水晶之迷?而叛将姬妾(胡慧中)亦正亦邪,亦友亦敌,令旭又爱又恨,承受着这般重大的精神与肉体折磨,旭又能否顺利完成任务呢?。