故事发生在日本的元志元年,江湖险恶,人心动荡。为了复仇,个头矮小父母双亡的少年铁之助(小林由美子 配音)以成为“鬼”为目标,要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里,铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司(斋贺弥月 配音),以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三(中田让治 配音)。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩,而柔弱的少女沙夜(高桥美佳子 配音)更是撩动了少年稚嫩的心弦。
在新撰组内,严明的纪律必不可少,有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员,看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命,铁之助在心里暗下决心,要让这武士道精神流传下去。。暴君纣王为统治天下命巫师召唤出妖王梼杌,然而妖王梼杌脱离了巫师控制,反杀纣王。妖王梼杌率领众妖一同降临人间,天下大乱,百姓苦不堪言,此时,契约师独孤纵观天下惨象,为救苍生,他降服青龙,白虎,朱雀,玄武四位圣灵一同对抗梼杌,在与梼杌决一死战中,他以本体和梼杌合体,打造出可以囚禁梼杌3000年的“苍壁”。3000年后,有些契约师们已然忘记祖先的保护天下苍生的初心,企图放出梼杌,借助梼杌的力量统治世界,但坚守初心的四大圣灵和其他契约师们依然在寻找找到“黄琮”来保护终生的方法,而妖族也在不断寻找“黄琮”和捕杀独孤的后人,企图放出妖王梼杌。但依然难逃一死。。