20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた。 そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから始まる。。许毅生,一位50年代参与政治读书会而被判无期徒刑的老人,在当年抓人过程中出卖好友陈政一,以致陈被,枪决而下落不明。许关满16年出狱后,因愧疚而自囚于养老院10多年。他搬回女儿秀琴家中后,开始一一探访难友。此时,秀琴之夫因贿选而遭羁押禁见,秀琴情绪终于爆发,重提父亲因政治而被判终身狱,与母亲离婚,导致母亲自杀,秀琴自小孤苦伶仃。许对女儿的责难,无言以对。之后许终于寻获陈之墓地,跪拜烧冥纸求恕后,返回家中已心力交瘁,入门即累倒在地,秀琴扶老父入房,无意中翻见桌上日记,始体会父亲多年来对老友、妻女之愧歉,望见床上奄奄一息老父……。