某生物学家(波特曼)为调查丈夫(伊萨克饰)的失踪,参加了神秘组织Southern Reach组织的科学考察,4名女性组队,去研究美国领土内一块被检疫隔离的生态灾害区域“X地区”。她发现那里是原生态的荒野,隐藏着神秘的黑暗力量。这已经是对该地区的第12次考察,前11次全都失败,比如第二次考察终结于去的考察队员集体自杀,第三次考察队拔枪互相残杀,第11次队员全体失去神志,回来后不久都死于癌症……。故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始,深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格,行為奇異,究竟宮下是否這些死亡事件的主谋? 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神,還是正義的使者?。