故事讲述石中玉、石破天乃自幼失散的孪生兄弟,破天与父母失散,辗转成为长乐帮帮主。中玉则自幼受父母溺爱,行事只为个人喜恶,闯荡江湖期间分别结识丁珰、铁珊瑚、倪冬儿及侍剑,展开一段五角恋爱。
雪山派掌门白自在误会中玉害死其孙女阿绣,开声讨大会对付中玉,阴差阳错,中玉与破天互调身份,并经历一段段奇遇。及后,中玉、破天相认,同赴侠客岛,揭开武林高手相继失踪之谜。最后,二人更同练侠客行神功,联手对付欲控制武林的贝海石,展开连场恶斗……。200年前,超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽,人类发明了超元卡装置,将怪兽封印在超元卡中,结束了战争。
主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年,但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。
一天,他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。
云天决定前往寻找4张传说超元卡,希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样,云天告别了父母,踏上旅程。。