日本各地出现了袭击人类的神秘生物,京王理科大学的医学教授番场宗介对此十分感兴趣,于是前往神秘生物出现的区域调查真相。随着调查的深入,番场宗介发现这一系列生物袭人事件的背后似乎隐藏着更大的阴谋……。军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险,而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队,密谋夺取能量源,企图在地球掀起又一场腥风血雨。
此时主人公山姆告别相恋的女友米凯拉,要开始自己梦寐以求的大学生活了,但一切似乎都不那么顺利,一块小小的魔方碎片似乎在给予山姆某种启示。为了获取魔方里的信息,霸天虎开始了对山姆的追击,擎天柱为了保护山姆而牺牲,山姆受其感召,决定重新担负起自己的使命。
山姆在自己室友里奥和“机器战士”西蒙斯的帮助下来到了埃及,他们在金字塔里发现了能量源。而此时,霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及,善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。。스무 살 재리는 대학교 신입생 환영회 자리에서 만난 괴짜 선배 하리와 사랑에 빠지게 된다. 엉뚱하고 즐거웠던 연애도 잠시, 하리는 벼락에 맞아 죽어버리고... 트라우마에빠진재리는하리의죽음에대해탐구하며2년7개월동안은둔생활을한다.그러던중오토바이를타고벼락같이나타난의문의여자.그녀를향해다시한번재리의마음이쏟아진다.。