舞台是近未来的日本,过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现,便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮,上面刻着神代文字“使用者 REIDEEN”。与此同时,巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……。这是一个没有希望的世界,没有雨、没有粮食,军阀和野蛮的游牧部落统治一切。诺亚是这个残酷世界的一个好人,一个久经沙场的战士、法师和治疗师,他只想和家人过上安宁平静的生活。然而,每天晚上他都会被一个噩梦所折磨,梦里整个世界被一场大洪水吞没。久而久之他意识到,这正是造物主给他的讯号,上帝要惩罚人类,把他们杀光。但他给了诺亚一个机会,让他得以保存地球上的物种。。