舞台是象征理性的「青之世界」,然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员,随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官,受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关,通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后,于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官,率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手(Rider),共同浴血奋战,应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中,他们的友情也在逐渐加深。。故事讲述别尔科公司的职员们原本平静的一天被广播里的神秘声音划破,他们被告知公司范围内将强制展开大型逃杀活动,一群平日西装革履的伪善者会不会在死亡面前创造人性丑陋新高度?。