川口名人和亚伦.亚当斯为了测试对战系统新安装的自动操纵模式,来到矢岛企业的研究开发室。自动操纵模式是使用历代高达作品中登场驾驶员的模拟人格AI,让不懂操作技巧的人也能轻易进行高达模型对战,是一种划时代模式。名人使用惊异渣古的后继机弹道渣古,亚伦则使用再生高达的特装机逆生高达。两人各自选择了AI,即将展开一场梦幻般的高达模型对战。。2048年,因核泄漏产生的核辐射感染了城市中大部分人群,为了治疗受感染的人群,赛亚公司派出特勤小队保护专家吴博士到废弃的实验室寻找疫苗。
但是谁知道疫苗研制成功的关键是要队里唯一的女队员程晓献身于曾经绑架过她亲妹妹的犯人高放。正在众人犹豫不决的时候,博士突然发现了研制疫苗的新方法,而与此同时,一大波感染人冲进了实验室。众人在队长的带领下,打退了感染人的进攻,为博士研制疫苗争取了时间。而程晓也得知高放并没有绑架她的妹妹,真正的凶手另有其人。
最终在大家的努力下,疫苗研制成功。但队长偷走了疫苗,于是,众人沿着队长留下的痕迹,追了下去。。二少爷朱念西收到老爷的家急信件后执意回家探望父亲,孰料回家以后老爹已死,回家的当天还是朱老爷迎娶红牡丹的大喜日子,红牡丹马上被冠以“煞星”罪名…………。