三十三岁的山中彩(上野树里 饰)一直过着形单影只的独居生活,一次偶然中,她结识了名为伊藤(中川雅也 饰)的男子,尽管伊藤比彩年长二十岁,没有一分正式的工作,整日里过着得过且过的随意生活,但他身上散发出的温柔和魅力依然捕获了彩的心,两人开始了同居生活。
彩的父亲(藤龙也 饰)是一个倔强而又强硬的老头子,在一场矛盾中,他竟然以离家出走的方式进行抗议,在彩并不知情的情况下大喇喇的搬进了她家,就此知道了女儿一直隐瞒的恋情。对于这个年纪比自己小不了几岁的准女婿,老头子是各种的看不上,他和彩之间的隔阂,亦因为距离的拉近而濒临爆发的边缘。。接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事,一年前與哥吉拉(Godzilla)的決戰,機龍(機械哥吉拉Mechagodzilla)受損程度37%,失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時,嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告:人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤,如果出動機龍,摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐,希望能中止機龍的計劃。但就在此時,太平洋又出現哥吉拉的影蹤… 2004年是哥吉拉登上大銀幕的50週年,上一部作品“哥吉拉X機械哥吉拉”中,以1954年第一代哥吉拉的骨骸做成的機龍首次登場,與哥吉拉展開熾熱的戰鬥。在這次,哥吉拉同類的戰爭終於接近尾聲。關鍵就在曾經襲擊過東京的摩斯拉與嬰兒島的小美人。一直守護著摩斯...。