在氪星爆炸之前,乔-艾尔把他的儿子卡尔-艾尔送上了一艘返回地球的火箭飞船,这位仁慈的统治者被迫将三名不可救药的罪犯驱逐到另一个维度,叫做幻影区。三人组的首领佐德将军发誓要报复。当然,后来卡尔-艾尔成长为超人,地球上强大的斗士。超人与犯罪策划者莱克斯·卢瑟的战斗以超人将一枚核弹头投掷到太空中爆炸而告终,但并不是无害的。相反,它将氪星三人组从另一个维度的监狱中解放出来。他们很快发现自己拥有几乎无限的力量(事实上,和超人一样的力量),他们用这种力量接管了地球。与此同时,勇敢的记者露易丝·莱恩得知她笨手笨脚的同事克拉克·肯特真的是超人,这一启示导致他把她带到他冰冻的孤独堡垒,为了与她相爱,他放弃了自己的力量。当超人和露易丝回到文明世界时,他们才知道三个氪星人以及莱克斯·卢瑟是如何与他们联手的。现在,超人必须扭转不可逆转的局面,重新获得他的力量,以拯救人类。。在这个世界上,存在着能够永生不死的人类,即使遭到致命的重创,也会在短时间内迅速恢复,人们称之为“亚人”。永井圭(宫野真守 配音)是一名平凡的高中生,某日,一场车祸让他亚人的身份曝光,随即遭到了有关政府部门的高价通缉,在曾经的好友海斗(细谷佳正 配音)的帮助下,永井圭踏上了永无止境的逃亡之路。
途中,永井圭结识了同为亚人的佐藤(大冢芳忠 配音),佐藤想将永井圭纳入自己暗中组建的亚人团体之中,敏感的永井圭却发现了佐藤隐藏极深的真实面目和目的。亚人一直遭到政府的迫害和残酷研究,因此佐藤企图通过一系列恐怖袭击活动来夺回属于亚人的权利,永井圭则投靠了亚人管理委员会的户崎(樱井孝宏 配音),在他的带领下对抗强大的佐藤。在亚人和人类之间,一场充满了硝烟和鲜血的战争即将拉开序幕。。