曾经,一位名叫奥特曼的光之战士守护了被怪兽和外星人所侵略的地球。在危机解除后,奥特曼就离开了地球,地球从此恢复了往日的平静。人类迎来了欣欣向荣的时代。
多年过去,人类看似过着和平的生活,但其实危机已经悄然接近。人类需要光之巨人帮助的时刻再次来临,所以,继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。
只不过,这位英雄不是当年的那位巨人了,他身穿装甲,体型和人类一样。而且,他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎。奥特曼的人间体早田进就是进次郎的爸爸。
新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。。一位医学博士研制出一种威力巨大的新型病毒“金美拉”,为保证运送安全请求中情局提供援助,孰料被扮作伊森的前中情局特工肖恩谋害,并窃取了病毒资料。伊森受命找到肖恩并获取相关情报,而在这之前,伊森必须得到女神偷奈雅的帮助,因为奈雅是肖恩的前女友,是接近肖恩的唯一人选。在获取奈雅信任的同时,伊森和奈雅萌生爱意。在制造奈雅被捕的假情报后,肖恩如期将奈雅救出,接到自己住处,不过肖恩已经怀疑奈雅的到来另有图谋。伊森和奈雅终于在赛马场接头并获知了情报内容,而同时肖恩已经察觉奈雅不仅奉命卧底,还与伊森坠入爱河。怀恨在心的肖恩已经猜测出伊森将前去药厂销毁病毒,遂率人争夺,交战之中,奈雅为帮助伊森完成任务,将仅存的病毒注入自己体内,并要求伊森杀死自己,而伊森不忍下手,并承诺将会挽救奈雅。肖恩开始和制药厂老板交易病毒和解药,声称病毒将很快席卷世界,正在此时,伊森赶到,经过激烈搏斗,伊森终于夺回病毒和解药,结果了肖恩,并及时挽救了奈雅的生命。。