在一片未知大陆上,有一座名为9号卫星城的城市,城中螺丝厂的螺丝扶正工芮梨在日复一日的枯燥工作中,逐步察觉到了这座城市的不真实。在神秘角色“Anull”的帮助下,芮梨获得了“换装”的超能力,并化身怪盗“天狼星”,为逃离这里秘密行动着。当世界的真相终于展现在自己眼前时,芮梨才发现,她真正的战斗才刚刚开始……。曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。。