每个年代的同志,各自在平权道上留下过不同的足迹。世代交替,曾经为同志平权奋身力争过的同志,付出过的努力,又会否给新一代珍惜?森美曾是同志团体 ACT UP 的成员,走过爱滋病肆虐的年代,到今日仍被倖存者的内疚折腾。他不能明白年青一代对性别政治的漠不关心,以及无忧无虑的性爱生活。一次,他在一间酒吧邂逅年轻的白兰顿,二人火速搭上,森美的创作灵感得以重燃,受伤的内心更开始慢慢疗愈。。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。