琪拉(丽塔·海华斯 Rita Hayworth 饰)是天神宙斯的女儿,一天,她违反了天庭条例私自下凡,遇到了郁郁不得志的艺术家丹尼(拉里·帕克斯 Larry Parks 饰)。在琪拉的帮助下,丹尼得以同一名富商会面,富商非常欣赏丹尼的才华,决定资助他开设一家夜总会。 终于,琪拉向丹尼坦白了自己的真实身份,并且告诉对方,自己很快就要回到天上去了。早已经深深爱上琪拉的丹尼苦苦挽留,而琪拉也早已经动了凡心。夜总会开幕当晚,琪拉带着自己的姐妹们现身夜总会,造成了轰动,这是琪拉能够留给丹尼最后的礼物了。琪拉离开后,丹尼非常非常的伤心,他还能有机会与琪拉重逢吗?。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。