故事设定于上世纪60年代,琼斯博士即将迎来退休,但来访的故人之女海伦娜却打破了他平静的生活,后者希望和他一同寻找能够改变历史走向的宝物“命运转盘”,这也唤起了一段尘封已久的回忆。在二战末期,琼斯曾与纳粹争夺过“命运转盘”。宛如宿命一般,如今他再次被卷入“命运转盘”的争夺,而纳粹的残余势力也卷土重来,觊觎着这件宝物。。作为《小马宝莉:彩虹摇滚》的续集,本片的故事背景依旧设定在和小马利亚平行的人类世界里的坎特洛特高中,值得一提的是,来自人类世界的紫悦将在此片中首次登场。
每隔四年,坎特洛特高中和水晶预科学院会联合举办“友谊大赛”:在两校学生之间开展各项学科竞赛,而坎特洛特高中每回都败北。新一轮的友谊大赛开赛在即,柔柔、云宝、碧琪、苹果嘉儿、珍奇以及余晖烁烁卯足了劲想办法赢得比赛,却意外地发现紫悦出现在竞争对手的队伍中……。