明朝中叶,皇帝朱历登基后,处处为太后所钳制,一心想振作朝纲的他微服私访来到民间,巧遇女扮男装的“小华佗”何天心,两人一见如故。天心不知道朱历的身份,在他面前大骂当朝天子昏庸无能,朱历反被天心的率直所打动。不久,东厂总管太监李保川家中失窃,这一切正是侠盗“黑蝙蝠”张哲三所为。自此朱历与天心、哲三三人结为兄弟,一同对抗包括吏部尚书赵甫嵩、大太监李保川在内的朝中旧势力。最终在众人的帮助下,朱历战胜了各股恶势力,天心也解开了自己的身世之谜。发现了彼此真实身份的天心和朱历相爱了,但为了继续为百姓解除病痛,天心选择了留在民间,有情人虽天各一方却心心相印。。十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。
十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”,而每日不停的进行魔术锻炼。
偶然的一天,士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。
卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的“英灵”Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。。