继续延续上一季的剧情,原来穆德受了骗,及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层,以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩,一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除,但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔,客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映,加入了一些角色及内容,“辛迪加”组织的阴谋越来越明显,穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。检察官久力生公平(木村拓哉饰)六年后回到东京地方监察厅城西部,继续由事务官雨宫舞(松隆子饰)担任助手。六年时间并没有隔断他们的感情,在斗嘴中舞试探着久利生的心意,久利生感觉到却故意调皮地置之不理。芝山检察官(阿部宽饰)正对一桩故意伤害人的案件提起起诉,犯罪嫌疑人对罪状也供认不讳。芝山由于正在为自己争取女儿抚养权的官司弄得焦头烂额,这件官司只得转交久利生处理。久利生和舞去了案发现场重演经过时遇见了一个神情庄重的中年人。在初审法庭上发现他竟是犯罪嫌疑人的辩护律师——在业界首屈一指的蒲生一臣,而犯罪嫌疑人也一改之前的口供,否认罪状。原来花岗练三郎议员正在被控贿赂,而他坚称当时正在牙医诊所,目击证人正是一名保安,这名保安就是久利生的犯罪嫌疑人。为了帮花岗脱罪,所以这名犯罪嫌疑人必须身在牙医诊所而不是案发现场。 对于高官来说,让花岗入罪是为民除害。但是对...。