公元2029年,未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化,于是,专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子,作为一位全身“义体化”的女警,带领公安9课不断展开行动。
是次,公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事,又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际,傀儡师竟然不请自来,出现在公安9课!素子与她的战友们,不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。。抗日战争时期,一个青年女子由于追求精神和物质享受受而堕人敌特组织,干了一系列特务勾当。最后,当她在临难不屈的共产党员的精神感召下,有所觉悟时,被杀死。。