某日,一个巨大陨石掉落到了日本富士山附近。人类在陨石内部发现了外星技术并设立了专门的机构对其进行解析。10年后的某日,外星人ワーキュリー到地球抢夺陨石,而同时人渣教师羽柴当吉也在打陨石的主意,并强迫他的八个学生去启动陨石内部的仪器,结果超级机器人ガクセイバー就由陨石中诞生了……ガクセイバー由脑波操纵,武器则都靠驾驶员自己的想象力来生成。在漫画版中机体的颜色是蓝,但由于OVA的主战场是宇宙,为了能和背景对比而改成了红色。。近未来,地球环境逐步恶化。神秘外星殖民者通过大洋底部的虫洞“缺口”将身形庞大、残冷迅猛、身藏剧毒的怪兽接连派往地球,有条不紊地实施着它们的殖民毁灭计划。为此,人类联手打造“贼鸥计划”,制造出与怪兽体型相当的机甲战士迎战,但随着怪兽渐次进化,机甲战士全面溃败,各国政要试图修筑偏于防守的“生命之墙”以阻挡侵略者的脚步,无奈很快遭遇挫折。在此危急关头,暗中仍推进“贼鸥计划”的斯特克·潘特考斯特将军找回五年前曾遭受重大打击的“危险流浪者”驾驶员,并通过严格选拔为他选择了新的搭档森麻子。复活的“流浪者”即将与另外三台仅存的机甲战士迎战更强大的怪兽侵略者,同时寻找彻底扫除敌人的良机。
苍茫的大海之上,人类保卫之战接连而起……。