这是和原来不同的假面骑士历史。1973年2月10日,和邪恶组织修卡抗争的假面骑士1号和假面骑士2号面前,出现了修卡制造的最强的战士假面骑士3号。1号和2号被3号轻松打倒,修卡成功征服世界。
然后时间来到现代,由于与修卡有关联的人类已经被消灭殆尽,后世的假面骑士们的存在也分裂为正义和邪恶的阵营。正义的一方为守护剩余不多的人类而战;邪恶的则作为修卡的手下并为了消灭阻碍者而行动着。一天,修卡手下的假面骑士Drive/泊进之介遇上了假面骑士3号变身者黑井响一郎,不知怎的事情就演变成了和他一起和修卡对战。另一方面,正义的假面骑士们为打倒修卡而所必要的行动开始了。。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。