故事的舞台在现代的意大利,政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女、给予医治和职业训练的福利机构,实际上却是对收容的少女进行义体改造,并投入药物洗脑,使她们成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配有一位辅佐官,这种组合被称为“fratello”,是意大利语中“兄妹”之意。少女们对辅佐官都具有(制约造成的)混合了爱情及亲情的绝对忠诚。与社会福址公社敌对的是被称为“五共和国派”的恐怖组织。该组织的政治诉求是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”(Lega Nord)党首Umberto Bossi所提倡的,意大利北部8省与中部3省应该自意大利共和国分离独立的主张,并依此实行武装抗争运动(但在现实中的意大利并无此组织,真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动)。。本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》,是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角,讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。 时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中,因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber,尽管如此士郎为了守护间桐樱,并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱,自己也无法逃离魔法师的宿命……。