八十年代后期的北京,少年阿滨内心敏感却不善于言表,他是理工大学一年级的学生。阿滨喜欢将捡来的底片放大。有一次,阿滨捡到一张旧底片,经过放大处理后发现是一个美丽的女孩。后来,在现实生活中,阿滨遇到了这个女孩,并爱上了她。可是阿滨一直羞于言表。一次,阿滨约这个叫毛毛的女孩看电影,影片是美国的老电影“爱情故事”。看完电影两人埋头在雨中走着,忽然毛毛哭了,阿滨不知道该怎么办才好。分开后,阿滨跑到街边的电话亭里,拨通了给毛毛的呼机台,他对呼机小姐说,他的留言是“我喜欢你”。一段青涩的恋情就这么不了了之。后来,两人都长大了,毛毛出了国,阿滨成为某电脑公司的技术部门主管。再后来,两人再次相遇,以完美的结局了却了少年时代的那场初恋。。就快放暑假了,小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家,没想到用水一洗,里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声,于是康一就给它取名为“小咕”。
小咕会说人类的语言,几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友,他们一起洗澡,一起吃饭,一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕,小河童成了上原一家的秘密。
一天,小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界,悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非,大吃了一惊,这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过,康一也不好受。他和小咕一起外出旅行,来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方,小咕愉快地在清澈的河里游了起来,康一也为它高兴。可是,在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢!”,赶忙带着小咕离开了那里。
回到家,康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童,一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家,小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里,它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候,电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面,然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。
为了摆脱让它害怕的人类,小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市,独自低语道:“哪里都找不到一个安静的地方,这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”。