未步是个普通女高中生,梦想着将来能成为科幻小说作家。由于父亲早逝,她和母亲妙子两个人一起生活。这天,母亲将自己的再婚对象盐见介绍给未步,未步很不开心跑了出来。一场地震突然来临,猝不及防的未步没抓牢手机,手机掉落消失在一团光芒中。舞台转到1912年,青年宫田时次郎师从夏目漱石,他立志要当小说家,却屡遭退稿。这天,他正要离开出版社,地震袭来,一个奇怪的小盒子式的物件从天而降。时次郎犹豫了一下,把它捡回了家。为了找回手机,未步试着拨打自己的号码。试了一次又一次,总算拨通了。听筒里传来一个陌生男子的声音。“这是我的手机啊!”未步叫道。“手机?!”对方一头雾水。未步了解到,时次郎是明治时代的人,只有在看得见月亮的时候才能接通手机。这只手机将跨越百年的两个人联系了起来。追逐文学梦的时次郎、为母亲再婚而烦恼的未步,两人聊自己、家人、未来,两颗心灵飞速接近。然而,离别的脚步走近了,手机的电池即将耗尽。两人决定来一场超越时空的约会,想将这份感情铭刻在心中。。公元2195年,谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现,并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时,民间企业ネルガル重工NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。即使是对着木星蜥蜴的兵器,装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势,包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮,使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上,由于采取了“能力一流,不问性格”的选拔方针,结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。火星出生的主角天河明人,在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人,一直跟在她的后面,并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师,但却发生了一些意外,使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗……本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历,他们一方面和木星蜥蜴作战,另一方面又要在地球政府吞……。