在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后的程序发生了错误,变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻,失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克通过病毒侵入了保护伞公司的系统,他放走了爱丽丝并告诉她,她是人类最后的希望,而为了拯救人类,他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达·王,两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时,爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队,从外向内进行突围。
保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,并使用克隆人作为T病毒的实验对象,为了抵达出口,爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市,而每座城市中都有丧尸们在蠢蠢欲动。。故事发生在宁静的山村小镇中,个性有些害羞的少年桐岛青大(细谷佳正配音)就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好,但对于青大来说,依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海(早见沙织配音)的少女,她的身影总是不经意的出现在青大的视线中,而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希(中岛爱配音)的出现打乱了青大的生活节奏,这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中,青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外,还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马,加贺月(高野菜菜配音)的开朗性格显得格外富有魅力,徘徊在三个女孩子们中间,青大究竟该如何选择呢?。