赛菲罗斯的事件已经过去2年了,人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍,但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德,却过着与世隔绝的生活。
但是,神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时,眼前这个人,只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。
以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前,文森特不得不再次挥动双枪,保护大家。而世界的英雄,克劳德,能否再次振作,守护这个世界呢?。故事叙述在遥远的时空,太空船“威卡诺伊号”在航行途中遭遇变故而坠毁在“艾斯多利亚双子星”上,威卡诺伊号太空船的电脑中枢与艾斯多利亚星的神秘能量结合,成为全新生命体“AXIS”并进一步使整个艾斯多利亚星产生异变,让该星球的植物异常生长而导致生态体系异变,而植物的“树液”成为维持所有生命能量的重要来源。 600年中,艾斯多利亚星异型生物把新人种[人类]视为奴隶,为其采集能源,并以上帝的身份施加暴行。盖娜是一个爱冒险的小姑娘,她屡屡发现古代遗留下来的线索,欲揭开真相。在威卡诺伊号唯一幸存者的帮助下,盖娜找到的残存的电脑中枢AXIS,并击败了异型统治者,释放了AXIS的能量,开启了一道通往新世界的桥梁。族人终于从奴役中被解救!。