1945年,第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了,曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。 远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里,大部分队员都散漫松懈。就在这个时候,幻兽突然出现。在石田的指挥下,第4中队全体出击,可是第一次面对幻兽的队员们,他们采取的行动却令人意想不到……。故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。