在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后的程序发生了错误,变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻,失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克通过病毒侵入了保护伞公司的系统,他放走了爱丽丝并告诉她,她是人类最后的希望,而为了拯救人类,他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达·王,两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时,爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队,从外向内进行突围。
保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,并使用克隆人作为T病毒的实验对象,为了抵达出口,爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市,而每座城市中都有丧尸们在蠢蠢欲动。。宋志高自幼便失去了父母成为一名弃婴,幸运的是,他得到了富商周怀生的照拂,后者收养他为义子,将他抚养长大成人。然而,周家半道遭张永康父子的陷害,家破人亡,志高流离失所最终回到了新加坡,在那里,他遇见了丽明和乐文意,两个姑娘都对他帮扶有加,实际上,丽明和乐文意都将芳心许给了宋志高,只是害羞内敛的丽明选择将这份感情深深的埋藏在心底,而热情奔放的乐文意则不厌其烦的大胆追求着宋志高。
而宋志高真正喜欢的,是名叫亦君的女孩。可宋志高并不知道的是,亦君的真实身份,其实正是张永康的女儿。宋志高的妹妹周南生出现在了他的面前,要他替自己的父亲报仇。。2069年,清洁能源革命完成,月球成为解决地球能源危机的理想之地。一艘国际能源集团的月球运输船被偷袭,所运载的新型核能材料He-3被曾经叛逃能源集团的科学狂人KSTAN劫持,KSTAN妄图用He-3配合氢同位素完成他的机甲核心来摧毁能源集团。于是此时已经流入黑市的氢同位素混合器,成为了国际能源集团(科技商业组织)、东亚安全联合部(政府部门)和以KSTAN为首的黑色黎明组织(恐怖组织)三方势力的共同目标,一场围绕氢同位素的混战即将打响······。