故事讲述了一个意外杀人而被迫逃亡的男人,在下山借书时遇到的大学教授却是被自己杀死之人的父亲。教授去世,被自己杀害的人的女儿又一次出现在他面前,漫长的接触不断进行着内心的炙烤。。威利•旺卡是一位伟大的巧克力发明人和制造商,经营着全世界最大的巧克力工厂。那是座神秘的工厂,大门紧锁,15年来,从来没有看见有工人从大门进去或出来过,可是却能闻到浓郁的巧克力香味。工厂出产的旺卡牌巧克力销往世界各地,深受孩子们的喜爱。
有一天,威利•旺卡先生贴出告示:他在出产的巧克力里面埋藏了五张金券,谁吃到了,就有机会参观工厂,还能得到足够吃一辈子的巧克力糖和其他糖果。小孩子们疯狂抢购,最终五个小客人成为幸运儿。
其中有一个小客人叫查理,家庭非常贫寒,在经历两次失败后,他发现了最后一张金券,巧克力工厂的大门因此为他打开。
五个孩子开始在这个魔幻工厂中冒险,吸引他们的除了神奇壮观的巧克力制造世界之外,还有威利•旺卡的“神秘礼物”……。本作の主人公は、推理小説家に憧れながらも貧乏生活を送る平井太郎。のちに江戸川乱歩となる人物で、ひょんなことから出会った初老の名探偵・白井三郎とともに難事件に巻き込まれていく。。