終極魔王(Master Vile)使用毀滅之球逆轉了地球的運行,時間因而倒轉,戰士們成為沒有超異能的小孩。他們前往不同時空找尋並重組散落的奇奧水晶(Zeo Crystal),這段時間由外星戰士和已恢復的比利捍衛地球。當奇奧水晶重組,一切才回復正常。 任務成功尚未多久,基地遭到天狼將軍及阿達武士(Rito)侵入並竊走奇奧水晶,幸好在爆炸前戰士們已經逃出,基地被毀他們頓失依靠。在廢墟間搜尋時發現了奇奧水晶,顯然是兩個笨賊掉的。此時戰士們跌落地底,來到宙威與智多星在爆炸時重建的新基地。當玄冥大帝一夥正慶祝擊敗金剛戰士的同時,遭到亦想征服地球的機械帝國攻擊。玄冥、幽冥一干人等只能撤退至M-51銀河投靠終極魔王(Master Vile)。藉由奇奧水晶的力量,凱琳、唐娜、洛基、亞當以及大明變身成為對抗機械帝國的最後希望—金剛戰士超能戰將(Zeo Rangers)...。创圣纪0011年的地球,由于11年前的大异变,人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄取生体能源「Purana」。 另一方面,人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起来。 而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。