20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた。 そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから始まる。。一个神秘组织聘请了以为学术界翘楚的教授,研究出一种能让人出现各种超能力的原液,培养了一批为组织做各种坏事的特工。教授为了追求自己梦想,背叛想把这些能力都放在自己妻子的身上,组织派出杀手,意外引发爆炸,导致原液泄露,出现很多有BUG的超能力者。。