讲述暑假开始之前接受"用胶卷相机拍摄世界尽头"这一摄影社团作业的初中一年级学生昭贞、烟雨、宋熙、施妍的故事。。战火纷飞的外星异世界,一艘太空船摆脱追兵高速离去。此刻在银河遥远的另一端,地球上的天才少年发明家阿纯正和一班朋友们过着无忧无虑的校园生活。晚上阿纯回到家时,家里自制的飞碟探测器突然警报大作。阿纯激动地邀约死党凌子前往郊外寻找坠落的飞碟,在一个燃烧着火焰的大坑旁边,阿纯找到了有生以来最大的发现——装有外星人的逃生舱……。西元1999年,一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船,之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞(還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實),而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射,並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦!事已至如此頓時成了趕鴨子上架,不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰,並讓馬克羅斯升空啟航,以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥,並救起了一位名叫林明美的少女,且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛,卻也開始介入了戰事的發展之中,甚而成為主導後來歷史走向的契機……。