中情局探员爱默生·肯特(约翰·库萨克 John Cusack 饰)经常被派去执行一些刀口舔血的危险工作,期间所承受的心理压力可想而知。在某次任务中,陌生女孩之死令他心理防线开始崩溃。此后他被调离外勤工作,转而派往英格兰某处的旧美军基地——某美国政府拒绝承认的情报站,在那里担任高阶密码专家凯瑟琳(玛琳·阿克曼 Malin Akerman 饰)的保镖。偏远小镇的生活枯燥平凡,随偶尔受到那次事件阴影的困扰,但爱默生紧张的心情正慢慢缓解。谁知就在某天,他和凯瑟琳遭到神秘之人的袭击。爱默生向总部报告情况后得到撤离和凯瑟琳的命令。
被层层迷雾笼罩的偏远情报站,爱默生和凯瑟琳的性命悬于一线……。一个三十多的男人Jung Woo,为了治疗他严重的嗜酒成瘾症,找到了一个在江原道深山的疗养院。在那里遇到了一个深深吸引他的美丽年轻的修女Maria。但他的酒精成瘾症让他整日地在山林里游荡并陷入了被攻击的幻觉,直到遇见了一位常常拜访疗养院的中年猎人。为了猎人背包里的白酒,他加入了猎人的狩猎之旅。没想到却被暴风雪困在了深山里的小屋中。更遭的是,猎人威胁他对自己开枪,否则他们两人都将无法逃出升天。。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。