奥匈帝国一战战败解体,战败国军官卡尔和火药专家玛丽研制出有九重机关的炸弹,决定用炸弹一举炸死所有协约国驻华官员,北洋对外特工组织猎盟会成员沈错及队友排除万难,拆除炸弹,最终阻止了这场阴谋,重归和平。。幸本遥(黑岛结菜饰)出生在一个小渔村里,是渔民的女儿,父亲为了养家整日在海上拼搏,母亲则留在家里,一心一意的照顾着小遥。一天,一场可怕的地震袭击了渔村,在这巨大的灾难中,小遥失去了很多的朋友和亲人。母亲患上了灾后创伤症,从前总是笑盈盈的她,现在整日都愁眉苦脸。这样苦闷的日子持续了一年,直到有一天,父亲驾驶着他的渔船回来了,远远的,逍遥看见了渔船上亮着的点点灯火,感到自己的心灵受到了光明的治愈。 小遥决定前往东京深造,之后在一家专卖照明设备的店里找到了工作。从前的经历让小遥深信,科学而又优秀的照明设计足以治愈受伤的心灵。。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了!他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界,召唤出不同的像素怪人,通过城市破坏来搜集经验值,让像素霸主能够降临世间,统治世界!
为了守护地球安全,迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主!被称作“天才玩家”的人类男孩小凯,意外激活了超次元召唤器的真正力量!并且,凭借自身的强大能量和玩家经验,小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力,破解像素怪人作乱的招式,双方逐渐成为默契十足的搭档!
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中,一步步成长为更加优秀的战士,也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着,终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋!。