午夜12点,在繁华都市的一个小角落,一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤,却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单,但是只要是客人想吃的都可以点,所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格,深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事,每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提,第一季曾出现的红色香肠再度登场,其中埋藏多年的往事随之揭晓,曾经的故人再度聚首,又展开了一个崭新的温情故事……
《深夜食堂》在2006年开始连载,由于作品气氛浓郁、风格特殊,二度改编日剧播映,由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。。关正康是古惑仔一名,女朋友与他社团大佬有染,情绪郁涩,决定向大佬报复,然后逃往泰国。在飞机上巧遇神秘的Sam,便一同往泰国。抵达后,康与Sam无故被人袭击,混乱中康与Sam失去联络。原来Sam是Yoyo派往香港偷取苏联军事晶片的手下,为保晶片顺利运送,Sam不惜将晶片弄到康的体内。
另一方面,泰国将军猜逢亦对晶片虎视眈眈,猜逢向康等展开连番追杀,康与Sam在患难中产生爱意。Yoyo决定与卖家进行交易,但猜逢要置Yoyo于死地。SAM得知一切,准备只身独往营救Yoyo……。