主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。 そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星(ロゴ・ダウ)へ向かう。 コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。 コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。。在第一季成功揭露 DNA 的非法实验后,医学生米亚试图尽快厘清生活中的各种骤变, 因为她意识到自己失去了过去3个月的短期记忆。 在试图了解发生了什么的过程中,失忆加上浮现在脑海的可怕画面,让她惴惴不安。她发现自己处于一个更大的阴谋中,这将把她推向边缘。。