时空背景设定在2509年,地球不只与USG石村号(USG Ishimura)和伊萨克.克拉克失去了联系,同时也与派去救援他们的USB欧班农号(USB OBannon)失联。欧班农号上有四名船员存活了下来,但是没有人知道其他成员的下落,也没有人知道他们遇上了什么事情,更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切,全都将透过《余波》来揭晓。愛宕神社の境内、狂四郎は赤座軍兵衛と名乗る侍の手から老人を救った。一向に風采のあがらないその老人が朝比奈という勘定奉行の職にある男と聞いて狂四郎は興味を唆られた。狂四郎の耳には幾つかの興味ある事実が入った。家斉の息女高姫は堀家に嫁ぎながら、早くから夫を失い奔放で驕慢な生活をしていること、そして、用人主膳は札差、米問屋などに賄賂とひきかえに朝比奈の抹殺を約していること。又赤座も朝比奈を狙っていること。等々。ある日、遊楽帰りの高姫に出会った狂四郎は、主膳が手練の殺人者をくり出す事を知りながら、小気味よいいたずらっけを楽しんでいた。よりすぐりの殺人者が揃った。赤座、増子、榊原、海老名それに、キリスト教の布教に囚われている夫を救うため、主膳の膝下にある采女が加わっていた。動機も武術も異る五人は、狂四郎の身辺に危害を加えようと立ち廻った。ある日狂四郎の前にあら...。