“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。一位医生韦伦研究人体在恐惧时会产生一种物质,只要大声的尖叫出来就能将它排除体内,在研究过程中,科技和道德两难的状况是韦伦必须面对的,他将如何取舍?。经过长时间的飞行,蕾普莉搭乘的飞船并没有飞回地球!飞船返航途中发生意外,低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船,掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外,只有蕾普莉一人生还。
这里是地球的一个外星废弃矿井,现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来,这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。当局以为是犯人内部的犯罪,然而蕾普莉隐隐知道没这么简单。
当她找出主教的残体连接上电脑查看飞行记录后,证实了她的想法:异形来了。。