随着科技的进步和发展,科学家们终于研究出了能将水转化为能源的神奇技术,研究人员们想将研究结果公之于众造福人类,却遭到了金主保罗(摩根·弗里曼 Morgan Freeman 饰)的反对。 灾难降临了,在庆祝实验成功的晚宴后,有人杀害了巴克利博士(Nicholas Rudall 饰)后又在实验室里安装了定时炸弹,幸运地在悲剧中幸存的两名研究人员莉莉(蕾切尔·薇姿 Rachel Weisz 饰)和埃迪(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)还未能松一口气就发觉他们已经成为了警方的重大嫌疑人。为了证明自己的清白,莉莉和埃迪联手展开了对事件的调查。站在这一连串恐怖袭击事件背后究竟是谁?他这样的大动干戈又是为了得到什么呢?。心情沮丧,愤世嫉俗的联邦调查局人员艾特杰菲(布鲁斯威利),由于调职后被人陷害,于是对政府失去了信心,这时他被派去调查一起双亲离奇遇害,男孩失踪的案件,可是被卷入了一场意想不到的事件。
杰菲在前往现场查案时,发现了失踪的男孩,这名患有自闭症的男孩“塞门”因为惊吓过度,不能说话,他的经历引起了杰菲的共鸣,凭他的直觉,他认为身陷危险,于是请求警方提供保护。但警方无故撤退了,杰菲只好带着孩子逃命。
杰菲不顾同事的反对收容了男孩,后来发现“塞门”竟然无意破解了军方最高机密的“水星密码”,于是惹来了杀身之祸。这个密码是为了保护美国在全球的情报活动,于是杰菲被逐出联邦调查局,向警方的求助也被拒绝,只好单枪匹马保护“塞门”,摆脱政府的追杀。。