《仁医2》完结篇延续前篇剧情,历史依旧向着既定方向有条不紊的前行,更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁(大泽隆夫 饰)以大夫的身份在江户时代生存了下来,所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲(绫濑遥 饰)的母亲患了当时普遍的脚气病,由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时,坂本龙马(内野圣阳 饰)出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山,竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍,原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后,坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩,促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变,仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来,他将重新邂逅寻找新生活的野风(中谷美纪 饰),前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。。刘思雨强忍巨痛产女后,发誓不再要孩子,要丈夫关云龙结扎,丈夫本能抗拒。刘思雨经营着思雨性福门诊,在手下得力助手菲菲和于小丽的帮助下,局面渐渐打开。而关云龙做小精灵香屁丸业务却一筹莫展,只有为追求于小丽而留下的业务员何小建跟随他。李导生性风流,和多名女子有染,其妻姜梅了如指掌,李导应邀给刘思雨举办的沙龙上课时,西裤被其妻剪成开裆裤,当众出丑。姜梅认为丈夫李导是性瘾患者,强迫丈夫到思雨性福门诊治疗。郑爽爽的女朋友小红患有严重的性恐惧症,他到思雨性福门诊求助,经过一番治疗,菲菲成功...。