2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。女高中生三好蓝美一心推着平凡不起眼、不知道在想什么的同班同学雾尾君。在看不见雾尾君的脸的演出中,蓝美和既是朋友又是情敌的染谷波说“怎么办?如果雾尾君放屁的声音很响的话”、“啊?太高兴了吧”这样的对话,描绘了因他的事一喜一忧的样子。。兵城市发生一起谋杀案,被害人家属宣颖认尸时异常的举止,引起分局刑警队警员宋慈注意,但因为缺少关键证据,刑警队长裘冰坚持疑罪从无,宋慈却相信,有时直觉可以提供破案的方向。模拟案发现场、扮演犯罪嫌疑人……经过宋慈的不懈努力,终于发现了案件背后隐藏的蛛丝马迹。与此同时,裘冰与警员包森通过证据查到了凶手冯浩的下落,可冯浩却在抓捕过程中意外身亡。案件看似结束,但宣颖和被害人之间有哪些不为人知的往事?凶手冯浩为何突然坠楼?一个个谜团等待刑警队员们揭开!。