1991年,香港黑帮三合会会员刘健明听从老大韩琛的吩咐,加入警察部队成为黑帮卧底,韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年,警察训练学校优秀学员陈永仁被上级要求深入到三合会做卧底,终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年,两人都不负重望,也都身背重压,刘健明渐想成为一个真正的好人,陈永仁则盼着尽快回归警察身份。重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报,锁紧目标人物韩琛,没料情报被刘健明泄出,双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露,引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。。故事是从一个名叫阿贞,代号叫“凤凰”(Ngo Thanh Van)的女杀手开始,她受到一个叫黑龙的黑社会老大的指使,窃取一台可以入侵和控制Vinasat-1卫星的笔记本电脑。而这台电脑正落入法国人黑手党手中。集合了包括阿军,阿刚,阿牛,阿贞和她弟弟在内的“海”联络组——从一个武器走私贩子手中购买了AK47和AKS47的武器。在这里,一个叫阿海的人认出了阿刚是杀死他哥哥的凶手。一场你死我活的战争不可避免…。