阳光明媚、寂静平和的海滩,一群小海龟孵化出壳,他们摆动着稚嫩的臂膀,奋力向大海爬去。名叫萨米(比利·安格 Billy Unger 配音)的小海龟最后爬出蛋壳,但是他怎么也无法爬出沙坑。焦急时分,塞米更被海鸟捉到空中,眼看就成为了对方的点心。混乱之际,他结识了美丽的女孩莎莉(伊莎贝拉·弗尔曼 Isabelle Fuhrman 配音)。此后,他乘坐轮船的碎木板像海洋中心飘去,偶然遇到了他一生的好朋友雷。
在此后的50年里,两个小家伙乘坐破木板周游世界,见识了海洋各处的美景奇观,也经历着人类为了私欲对海洋做出的无可弥补的破坏,他们的冒险从未结束……。永乐十年,朱棣下令在南京被烧毁的天禧寺的基础上,重新修建一座皇家寺院,为了报答父母的恩德,名为大报恩寺,并修建九级琉璃塔,但是直到朱棣临终之时,琉璃塔都没有竣工。相传报恩寺内还隐藏着关于朱棣的一个秘密。琉璃塔的修建经历了明朝三个皇帝。被西方人称之为“中世纪世界七大奇观”。2007年,南京市博物馆考古队开始对大报恩寺遗址进行考古发掘,经过多方的努力,终于找到了琉璃塔的塔址,而且还发现了一个保护完好的地宫。。